Trong Reef Encounter, mục tiêu là phát triển những rạn san hô lớn nhất và khỏe nhất trên rạn san hô, sau đó cung cấp chúng cho cá vẹt của bạn trong thời gian ngắn có sẵn. Điểm được trao vào cuối trò chơi cho số lượng và loại polyp mà cá vẹt của bạn đã tiêu thụ.
Mỗi lượt ấu trùng san hô mới trôi vào trò chơi. Các khối ấu trùng cho phép người chơi đặt các khối polyp của họ lên bảng và tạo ra các san hô mới và lớn hơn. Sau đó, tôm sẽ xâm chiếm những rạn san hô này và bảo vệ san hô khỏi bị tấn công.
Một san hô bao gồm một hoặc nhiều khối polyp được kết nối. San hô có kích thước từ hai polyp trở lên có thể tấn công các loại san hô yếu hơn khác. Polyp từ san hô bị hỏng có thể được tái chế thành polyp mới hoặc được sử dụng theo cách khác để thu được các khối trụ tảo hoặc khối ấu trùng.
Chính các trụ tảo sẽ củng cố một số loại san hô so với các loại khác. Một trụ tảo cũng có thể sửa thứ bậc giữa hai loại san hô cụ thể trong phần còn lại của trò chơi.
Cuộc chạm trán với rạn san hô thường sẽ kết thúc sau khi hệ thống phân cấp của tất cả san hô được thiết lập hoặc khi cá vẹt của một người chơi đã ăn hết bốn san hô.